笹山遺跡は標高170m～180mの信濃川の河岸(かがん)段丘(だんきゅう)上にあります。昭和55年～60年にかけて笹山野球場、陸上競技場などの建設に伴って7次にわたる発掘調査が行われました。
合計15,460㎡の範囲が調査され、石組(いしぐみ)炉(ろ)、埋設(まいせつ)土器(どき)などの遺構(いこう)が数多く見つかったほか、大量の土器、石器などが出土し、遺跡の一部は平成4年に市の史跡に指定されました。また、中世の集落跡も発見されています。
縄文の遺構は笹山縄文館（スポーツハウス）付近を中心として長軸110m、短軸100mの馬(ば)蹄形(ていけい)に分布しており、縄文時代中期中葉～末葉（今から約4,500年～4,000年前）を中心とする大規模な集落であったことが明らかになり、縄文の聖地であり中心地のひとつであった可能性が言われています。
笹山遺跡で発掘された火焔型土器群をはじめとする出土品928点は、平成11年6月7日に新潟県初の国宝に指定されました。